Pourquoi la présence du variant Omicron en France est nécessairement sous-estimée

Le nombre de tests positifs qui font l'objet d'un séquençage et le délai pour en obtenir les résultats empêchent de connaître précisément la trajectoire de la propagation du variant Omicron en France.

C'est un variant qui inquiète mais dont le nombre de cas officiellement détectés en France parait, à première vue, dérisoire. La mutation Omicron a été détectée seulement 347 fois par Santé Publique France au 17 décembre, contre plus de 25.000 fois au Royaume-Uni. Si le chiffre français semble faible, c'est qu'il est largement sous-estimé.

D'abord, peu de tests PCR positifs font l'objet d'un séquençage qui permet la détection de variants. Sur la semaine du 6 au 12 décembre, cela concernait seulement 4% des tests PCR positifs en France contre 15% des tests au Royaume-Uni et 30% au Danemark.

"On est un peu en retard par rapport à certains de nos voisins européens. Nous avons moins de capacités de séquençage mais la capacité existante est en train de s'organiser et un consortium s'est formé, piloté par Santé Publique France, qui vise à coordonner toutes ces capacités voire les décupler dans les mois à venir", explique à BFMTV Pascal Crepey, épidémiologiste et enseignant à l'école des Hautes études en santé publique de Rennes.

"On a absolument aucune idée de la situation réelle"

Si les séquençages sont peu nombreux, les résultats sont aussi longs à obtenir. Il faut environ 10 jours pour connaître la mutation présente sur un test positif, un délai qui implique un retard dans l'estimation de la propagation du nouveau variant.

"Les chiffres qu'on a en France aujourd'hui pour Omicron datent d'il y a à peu près deux semaines" assure Philippe Froguel, enseignant chercheur en endocrinologie, biologie moléculaire et génétique à BFMTV. Ils datent donc d'un moment où il y avait très peu de cas d'Omicron en France.

"Comme son taux double tous les deux ou trois jours, ce chiffre-là est un peu défraîchi, on est dans une situation où on a absolument aucune idée de la situation réelle" prévient Philippe Froguel.

Déjà majoritaire au Royaume-Uni, le variant Omicron pourrait aussi l'être en France dès le mois de janvier, selon les estimations des experts.

Emilie Roussey