Enquêtes et "séquençage": la difficile traque des variants porteurs de mutations du Covid-19

Une deuxième enquête "flash" se tient ces mardi et mercredi pour mesurer plus précisément le degré de circulation des variants au sein de la population française.

On attend encore les résultats définitifs de la première enquête "flash", qui s'est déroulée les 6 et 7 janvier, qu'une deuxième s'amorce ces mardi et mercredi. L'objet de ces recherches est de mesurer avec plus de précision le degré de circulation des variants britannique et sud-africain du Covid-19 au sein de la population.

La traque de ces variants ne peut se dérouler en un jour. Réputés plus contagieux, on ignore encore à quel point ces variants prospèrent au gré des contaminations.

Déterminer ces niveaux est pourtant crucial, car une montée en puissance épidémique pourrait sous-entendre un troisième confinement, évoqué avec insistance ces jours derniers mais semble-t-il pas encore acté. "À ce stade, il n'y a pas de raison de décider d'un confinement", a tempéré la ministre déléguée chargée de l'Industrie Agnès Pannier-Runacher, ce mardi matin sur BFMTV-RMC.

Des variants qui changent "complètement la donne"

Le 15 janvier, le Pr Bruno Lina, directeur du Centre national de référence des virus infectieux respiratoires à l'hôpital de la Croix Rousse et membre du Conseil scientifique, détaillait les premiers résultats de l'enquête "flash" menée aux premiers jours de 2021. Résultats qui tendaient à montrer que 1,3% à 1,4% des virus circulant en France étaient porteurs du variant britannique. "Ca va peut-être bouger encore un peu, mais à la marge", avait-il ajouté.

La situation épidémique a semble-t-il évolué depuis, et pas seulement à la marge. Dimanche, sur BFMTV, le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy s'est alarmé de la circulation des variants. Cela "change complètement la donne", s'est-il inquiété.

"Une série de données" moins importantes que l'étude "flash" montre "que le virus anglais est plutôt à des niveaux de 7, 8 ou 9% dans certaines régions françaises". C'est "l'équivalent d'une deuxième pandémie", a ajouté l'immunologue. Pour le variant sud-africain, des données "suggèrent qu'on est déjà peut-être autour de 1%".

Des données "à prendre avec prudence" mais qui "devraient être confirmées par la deuxième étude flash lancée cette semaine", avance le Pr Yazdan Yazdanpanah, membre du Conseil scientifique et président de la nouvelle agence de recherche sur les maladies infectieuses, auprès de Libération.

Pas de résultats définitifs avant mercredi 3 février

L'enquête "flash" de cette semaine va ainsi porter sur les tests RT-PCR positifs de ces mardi et mercredi. Lundi, le Pr Jean-Michel Pawlotsky, chef de service bactériologie et virologie de l'hôpital Henri-Mondor à Créteil (Val-de-Marne), expliquait à BFMTV que les laboratoires de "séquençage" allaient recevoir ces tests positifs à compter de ce jour.

À partir de là, deux options s'offrent aux laboratoires en question: "Séquencer" directement le test PCR reçu, ou privilégier d'abord la réalisation d'un test PCR dit "suspicion", qui permet de déterminer le risque de la présence d'un variant. Ces derniers sont toutefois faillibles, et leur résultat doit être vérifié par un séquençage, a précisé Jean-Michel Pawlotsky.

Dans ces conditions, il est envisageable d'espérer l'obtention d'une vue d'ensemble sur la circulation des variants d'ici jeudi ou vendredi, mais il ne faut pas attendre de résultat définitif des séquençages avant mercredi 3 février, au plus tôt.

En Europe, c'est l'Institut Pasteur qui en premier était parvenu à séquencer le génome du Covid-19, le 29 janvier 2020.

"Le séquençage permet de voir comment le virus évolue, ce qui évolue chez lui et faire des corrélations éventuellement avec des changements d'attitude du virus, sa transmissibilité, sa pathogénicité", expliquait Jean-Claude Manuguerra, virologue et responsable de la cellule d'intervention biologique d'urgence de l'Institut Pasteur, en décembre à BFMTV.com.

Le spécialiste pointait notamment la différence d'approche entre les pays à ce niveau, soulignant par exemple que les "Anglais (avaient) une politique de séquençage très active", beaucoup plus que celle de la France, ce qui peut expliquer la détection du variant dit "britannique".

Clarisse Martin avec Sylvain Poulet