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Covid-19: comment les variants génétiques du virus sont surveillés

Image d'une particule du SARS-CoV-2, obtenue le 11 août 2020 auprès du National Institute of Allergy and Infectious Diseases(NIH/NIAID).

Image d'une particule du SARS-CoV-2, obtenue le 11 août 2020 auprès du National Institute of Allergy and Infectious Diseases(NIH/NIAID). - HANDOUT / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / AFP

Une nouvelle souche du virus a été détectée au Royaume-Uni et pourrait être plus contagieuse. A ce stade, rien n'indique qu'elle serait plus mortelle que les précédents variants recensés.

Alors qu'un nouveau variant du SARS-CoV-2 a fait son apparition au Royaume-Uni, plusieurs pays, dont la France, ont décidé de se couper provisoirement du pays.

"Il y a un principe de précaution qui s'applique" face à "l'identification d'un variant du virus", a commenté Olivier Véran ce lundi sur Europe 1. "C'est le même virus mais dont le code génétique a été un peu chamboulé", "ce qui arrive assez fréquemment", a-t-il ajouté. 

Cette "variation du virus a été identifiée dans une zone du territoire anglais où on assiste par ailleurs à un départ épidémique plus important", a poursuivi le ministre de la Santé. "Les scientifiques anglais se demandent si ce nouveau variant pourrait être plus contagieux que les autres, ils n'en ont pas de preuve, mais vous comprenez qu'on prenne toutes les décisions nécessaires". Cette mutation du virus est soupçonnée d'être jusqu'à 70% plus contagieuse.

Identifier les mutations

Face à l'identification de cette nouvelle souche virale, le Centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies plaide pour accélérer les analyses afin de repérer les éventuelles contaminations dues à cette mutation, qui est en fait un ensemble de plusieurs mutations:

"Les autorités publiques sanitaires et les laboratoires sont priées d'analyser et séquencer les isolats du virus en temps voulu afin d'identifier les cas de contamination dus à ce nouveau variant", a écrit l'organisme sur son site internet dimanche.

A cette heure, un cas de contamination dû à cette nouvelle souche a été détecté en Italie. Mais rien n'est exclu quant à l'Hexagone:

"Il a été identifié une fois en Italie, il est tout à fait possible qu'il circule en France. Nous le saurons parce que nous lançons, comme nous le faisons régulièrement en France, des études génotypiques, c'est-à-dire que les scientifiques prennent des virus identifiés par PCR chez un certain nombre de malades et font ce qu'on appelle un séquençage génétique, et donc ils sont capables de l'identifier", a assuré Olivier Véran ce lundi.

"Ce que je sais, c'est que sur les derniers jours, 500 souches virales ont été identifiées, analysées en génétique et que ce variant n'a pas été retrouvé, mais ça ne veut pas dire qu'il ne circule pas", a ajouté le ministre de la Santé.

Analyser le patrimoine génétique via le séquençage

"Lorsque l'on a un prélèvement dans lequel on a un virus, on va extraire le patrimoine génétique (le génome, NDLR) et le soumettre à des techniques de séquençage. Ce séquençage va nous permettre de connaître le texte que contient ce matériel génétique. On va avoir une succession de lettres - un peu plus de 29.000 - et les lettres sont prises dans un alphabet de 4 lettres", explique à BFMTV.com Jean-Claude Manuguerra, virologue et responsable de la cellule d'intervention biologique d'urgence de l'Institut Pasteur.

En Europe, c'est l'Institut Pasteur, chargé de la surveillance des virus respiratoires en France, qui est en premier parvenu à séquencer intégralement le génome du SARS-CoV-2. Nous étions alors le 29 janvier 2020, aux balbutiements de la crise sanitaire.

"La séquence du génome des pathogènes est cruciale pour développer des tests de diagnostic spécifiques et identifier les options d’intervention potentielles", soulignait alors Sylvie van der Werf, responsable du Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires à l'Institut Pasteur, dans un communiqué publié le 30 janvier dernier.

Maintenir le virus sous surveillance

"Des mutations du virus, il y en a tout le temps, détaille Jean-Claude Manuguerra. On les surveille par le séquençage. Par exemple, il y a une mutation qui est apparue à l’été, la mutation D614G, cette mutation était aussi associée à une augmentation de la transmissibilité, notamment en France."

"Le séquençage permet de voir comment le virus évolue, ce qui évolue chez lui et faire des corrélations éventuellement avec des changements d'attitude du virus, sa transmissibilité, sa pathogénicité", abonde le virologue. "Ici, au Centre de référence des virus respiratoires à Pasteur, tous les prélèvements positifs du Covid-19 qui nous arrivent sont séquencés." Ce qui ne correspond pas aux millions de tests réalisés en France.

Tous les pays n'ont pas la même approche. "Les Anglais ont une politique de séquençage très active, et ils ont fait beaucoup, beaucoup de séquençage", explique Jean-Claude Manuguerra. Une différence de stratégie notamment pointée dans Libération par Samuel Alizon, chercheur au CNRS spécialiste de la modélisation des maladies infectieuses. Pour lui, la France accuse un retard à ce niveau-là:

"La France a partagé environ 2500 séquences contre 123.000 pour le Royaume-Uni", compare-t-il.

Pour le partage de ces séquences, à défaut de plateforme intergouvernementale, ce sont des banques de données multinationales, comme GISAID (Global initiative on Sharing Avian Influenza Data), lancée en 2008 lors de la menace de la grippe aviaire, qui récoltent les données.

L'action de cette dernière a d'ailleurs été saluée par l'Organisation mondiale de la Santé (OMS). Dans un article publié dans la revue Nature le 17 décembre, la directrice générale adjointe chargée de programmes de l'OMS, Soumya Swaminathan, a loué l'initiative, estimant que cela avait "changé la donne".

"Nous avons besoin d'infrastructures et d'une plus forte culture du partage", a-t-elle plaidé, indiquant que la "base de données EpiCoV (de GISAID) propose déjà plus de 260.000 séquences virales du génome, provenant de 142 pays".

L'enjeu crucial du partage des données

Au cours du week-end du 11 janvier dernier, la Chine, où le SARS-COV-2 a été détecté pour la première fois, avait partagé le séquençage du génome du virus, avant que l'Institut Pasteur n'y procède quinze jours plus tard. Un partage qui s'est révélé crucial pour la suite:

"En utilisant cette séquence, on a pu, alors qu'on n'avait pas encore le virus, faire des outils pour créer des PCR", raconte Jean-Claude Manuguerra, qui estime "que les séquences sont faites pour être partagées", à l'instar des données sur les symptômes, l'évolution clinique ou encore les anticorps.

En tant que telle, il n'y a pas d'obligation formelle pour les scientifiques des différents pays de publier les séquences obtenues lors de leurs analyses. "Les règles sont les suivantes: les articles scientifiques qui sont soumis à l'analyse par les pairs, n'acceptent de publier les résultats de séquence que si ces séquences ont d'abord été déposées dans les banques", explique Jean-Claude Manuguerra.

Le 3 novembre, l'Académie nationale de médecine et l'Académie des sciences ont publié un communiqué conjoint, repéré par Libération, dans lequel elles exhortent au partage de "TOUTES les séquences détectées du virus" ainsi que de ses "métadonnées extensives (date, lieu, âge du patient, sexe, …), le plus rapidement possible, et idéalement en temps réel."

Les deux institutions estiment que les chercheurs français ne partagent pas suffisamment le fruit de leurs travaux, qualifiant cette approche de "rétention d'information qui jette le discrédit sur l'ensemble de notre communauté scientifique et médicale nationale". Une accusation que Jean-Claude Manuguerra bat en brèche.

"Il y a aussi une question de quand il y a trop d'informations, on risque de louper quelque chose. Il y a des approches qui peuvent varier d'un pays à l'autre, rien n’est jamais parfait", balaye-t-il.

Et de s'interroger: "Il y a quand même beaucoup de séquences qui sont redondantes. On a des séquences qui sont très proches les unes des autres, donc est-ce que ça vaut le coup de repérer une mutation qui ne va pas se fixer et qui n'a aucune importance?". Le débat n'est pas tranché.

Clarisse Martin Journaliste BFMTV