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"Delta Plus": une mutation du variant Delta repérée dans plusieurs pays

Au Royaume-Uni, le variant Delta est 40% plus contagieux que le variant Alpha, responsable de la dernière vague de contaminations

Au Royaume-Uni, le variant Delta est 40% plus contagieux que le variant Alpha, responsable de la dernière vague de contaminations - NIKLAS HALLE'N / AFP

Cette mutation est pour l'instant très peu répandue, mais l'Inde et le Royaume-Uni s'inquiètent de sa contagiosité plus forte. Sa virulence est actuellement à l'étude.

Le variant Delta du coronavirus, particulièrement contagieux, devrait représenter 90% des nouveaux cas de Covid-19 dans l'Union européenne d'ici fin août, a estimé mercredi le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), qui appelle à la vigilance. Mais alors que différents pays tentent de contrôler ce variant, une mutation de cette souche inquiète l'Inde, car elle serait plus contagieuse selon les observations des autorités locales.

Ce variant d'un variant est nommé AY.1, surnommé "Delta Plus". Il présente, selon un communiqué du ministère de la Santé indien diffusé mardi, une plus forte contagiosité, il s'accroche plus facilement sur les récepteurs des cellules pulmonaires, et réduit la réponse de l'organisme aux anticorps monoclonaux, une thérapie étudiée contre le Covid-19. Les autorités sanitaires indiennes le considère comme un VOC (Variant Of Concern), soit à surveiller de près.

· Qu'est-ce que ce "Delta Plus"?

"En plus des mutations qui caractérisent ce variant [Delta] des acquisitions indépendantes de nouvelles mutations sont sporadiquement détectées actuellement", explique Santé Publique France dans sa dernière analyse de risque liée aux variants, datée du 16 juin. Parmi ces mutations, on retrouve celle appelée K417N, retrouvée également chez le variant Beta (ex-Afrique du Sud). "Elles sont notamment retrouvées chez un groupe de virus du lignage B.1.617.2, nommé AY.1".

Les autorités sanitaires britanniques définissent clairement le AY.1 comme le variant Delta "avec K41TN". "Le variant Delta Plus est caractérisé par la mutation K417N sur la protéine Spike", explique également dans un communiqué le gouvernement indien mercredi.

Au 16 juin 2021, un cas de ce Delta Plus avait été identifié au Canada, un en Russie, 3 au Népal, 18 en Suisse, 9 en Pologne, 22 au Portugal, 15 au Japon, un en Turquie et 83 aux États-Unis. 38 avaient alors été repérés en Angleterre, où le variant Delta d'origine a largement remplacé le variant Alpha (ex-britannique). Le ministre de la Santé indien a déclaré ce mercredi que 40 cas avaient été détectés sur le territoire, situés pour le moment dans trois États indiens: Maharashtra, Kerala and Madhya Pradesh.

Les autorités indiennes expliquent toutefois qu'il y a "d'autres variants Delta Plus, avec d'autres mutations", AY.1 est pour le moment la mieux connue, mais un second lignage identifié aux États-Unis est en cours d'étude. Il a été nommé AY.2.

· Est-il plus dangereux?

Les autorités indiennes considèrent le AY.1, ainsi que tous les sous-linéages du variant Delta, comme des "VOC", soit pouvant présenter un réel danger pour la santé publique. Le variant Delta B.1.617.2, à partir duquel est issu AY.1, est ainsi classé en VOC par l'Organisation Mondiale de la Santé.

"Pour le moment, ce variant ne semble pas être courant, et ne représente actuellement qu'une petite fraction des séquences Delta", a déclaré l'OMS à Reuters, ajoutant toutefois que le variant Delta "et les autres VOC présentent un risque plus élevé pour la santé publique car il ont démontré une augmentation de la transmission" du virus.

Toutefois, la virulence de ce Delta Plus reste encore à l'étude. "L’impact de ces mutations sur les caractéristiques de ce variant est en cours d’évaluation" note ainsi Santé Publique France. La capacité de AY.1 a entraîné plus de cas graves par exemple, ou sa résistance potentielle au vaccin, ne sont pas démontrées pour le moment.

"Nous n'avons pas vraiment de raisons de croire qu'il est plus dangereux que le Delta d'origine", explique à la BBC le virologue Jeremy Kamil. Selon lui, cette mutation pourrait avoir un léger avantage pour infecter les personnes qui ont déjà été contaminées par le Covid-19, ou celles qui n'ont pas reçu les deux doses de vaccin, mais "je ne crois pas que quiconque a publié ou accumulé suffisamment de données pour évaluer les risques liés au Delta Plus comme plus dangereux ou préocuppants que ceux du variant Delta d'origine".

· Éviter qu'il ne se répande

Pour faire rempart à l'émergence du variant Delta d'origine, qui est 40 à 60% plus transmissible que l'Alpha selon l'ECDC, l'organisme avait appelé à accélérer les vaccinations. En effet, les études convergent sur un point: recevoir une seule dose de vaccin n'apporte qu'une protection limitée contre le variant Delta. En revanche, quand il s'agit d'éviter les hospitalisations dues au variant Delta, la première dose de Pfizer/BioNTech offre déjà une protection très haute (94%).

Des pays alertent d'ores et déjà sur la diffusion de AY.1. L'Inde a ainsi appelé les zones concernées par la diffusion de cette mutation à "prendre des mesures de confinement immédiates", et demande "la prévention des foules et des brassages de population, des tests généralisés, un traçage rapide ainsi qu'une couverture vaccinale prioritaire". Le Royaume-Uni appelle également de son côté à un séquençage efficace pour "répondre en toute priorité" à ces cas.

Depuis sa découverte en Inde en fin d'année dernière, le variant Delta a été signalé dans 85 pays, selon l'Organisation mondiale de la santé. En France, ce variant représente désormais 2 à 4% des nouveaux cas de contamination.

Salomé Vincendon
Salomé Vincendon Journaliste BFMTV