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Covid-19: pourquoi le variant sud-africain est-il plus compliqué à détecter que le Britannique?

Réalisation d'un test PCR à Saint-Denis en novembre 2020

Réalisation d'un test PCR à Saint-Denis en novembre 2020 - Christophe ARCHAMBAULT © 2019 AFP

Contrairement au variant britannique, qui peut être détecté en utilisant une technique spécifique de PCR, la tâche est plus ardue pour le variant sud-africain.

501Y.V2. Derrière cette série de chiffres et de lettres, figure une menace sanitaire potentielle pour plusieurs pays, dont la France. Repéré pour la première fois en Afrique du Sud en octobre passé, ce variant du Covid-19 tend en effet à se diffuser sur le territoire, et a déjà été recensé dans différentes régions de l'Hexagone.

Contrairement au variant britannique, qui peut être détecté en utilisant une technique de PCR particulière, celle de l'entreprise Thermo Fisher, la tâche est bien plus ardue pour cette modification sud-africaine, explique auprès de BFMTV.com Lionel Barrand, du Syndicat des jeunes biologistes.

"Pas de signal biologique"

A l'heure actuelle, il est impossible de deviner si un individu est contaminé par cette mutation sans réaliser des essais plus poussés, dont le séquençage des prélèvements. "On peut le repérer par le séquençage. Le PCR fonctionne pour repérer le virus puisqu’il détecte les protéines, et le séquençage le variant", ajoute ce dernier.

Alors dans l'attente de potentielles avancées scientifiques, les biologistes y vont à tâtons afin de repérer la mutation.

"Il y a deux critères pour orienter vers le variant sud-africain: d'abord le critère épidémiologique, est-ce que vous avez été en Afrique du Sud ou en Grande-Bretagne (pour le variant britannique, ndlr), si oui, on séquence", poursuit Lionel Barrand.

Puis, vient le critère biologique, uniquement pertinent pour le variant britannique, explique le biologiste. Selon lui, la sonde Thermo Fisher utilisée a été déposée "par hasard" sur le gène de la mutation britannique, ce qui a permis de le repérer facilement via les tests PCR. Or, pour le variant sud-africain, ce signal biologique n'est pour le moment pas détecté, ce qui empêche les tests PCR d'être efficaces.

Le séquençage est dont utile avec les deux variants, mais là où un test PCR peut indiquer la présence du variant britannique, qui sera confirmé ensuite par un séquençage, le PCR n'est pas pertinent pour le variant sud-africain. La décision de séquencer l'échantillon doit donc être prise à partir d'autres critères.

"Nous n’avons pas ce signal biologique pour le variant sud-africain, il faut surtout utiliser les critères épidémiologiques, il n’y a pas d’autres techniques qui permettent d’aller vers lui", confirme-t-il.

Accentuer l'échantillonnage

Pour aller plus loin, Lionel Barrand estime qu'il faut "rester sur les critères épidémiologiques et séquencer les tests positifs" même si pour l'heure, il est "impossible avec nos moyens de séquencer tous les tests positifs."

"Il faut faire un maximum de screening, des études flashs des différents séquençages, fonctionner par échantillonnage quand on a un cluster particulier, où le virus circule vite...", martèle-t-il.

Lui-même membre du Syndicat des jeunes biologistes, il assure que les laboratoires privés doivent "se tenir prêts, être vigilants dans les questions posées aux patients. Les autorités vont peut-être demander tous les tests pour les séquencer, il faut qu’ils soient prêts à être envoyés."

En attendant ces avancées, le biologiste assure qu'il est vital de maintenir les gestes barrières.

"On continue la stratégie de tester/alerter/isoler. Les mesures barrières, cela fonctionne aussi. Le variant, il ne va pas sauter du masque."

Dépistages massifs

Entre-temps, plusieurs municipalités où le variant sud-africain a été découvert ont décidé d'accélérer le processus. Depuis vendredi passé et la découverte de plusieurs cas dans le Val-de-Marne, une opération de dépistage est en effet organisée dans cinq établissements scolaires.

De plus, des centres de dépistage dédiés ont ainsi ouvert leurs portes ce samedi à Colombes, dans les Hauts-de-Seine, à Maisons-Alfort et Bonneuil-sur-Marne, dans le Val-de-Marne, et à Fleury-Mérogis, dans l'Éssonne, après la découverte d'autres cas.

Là, les personnes qui le souhaitent pourront ainsi bénéficier d'un test PCR classique, et d'un second test dédié spécifiquement à ce variant.

"Le premier, qui est envoyé au laboratoire de Broussais pour savoir si la personne a un test négatif ou positif. S’il est positif, le deuxième test est envoyé au laboratoire de la Pitié-Salpêtrière où on va vérifier le génome et voir si c’est un virus qui provient de la souche sud-africaine", détaille Jolan Bokobza, étudiant en médecine, vacataire auprès de l’Assistance publique – Hôpitaux de Paris, auprès de notre antenne.

L'objectif est ici de gagner du temps et de briser les chaînes de contamination. Ce week-end, près de 1000 personnes se sont fait dépister et les tests se poursuivront ce lundi et mardi.

https://twitter.com/Hugo_Septier Hugo Septier Journaliste BFMTV