BFMTV
Santé

Variants du Covid-19: Santé publique France appelle à augmenter le nombre de tests criblés

Séquençage du virus dans un laboratoire à l'institut Pasteur à Paris, le 21 janvier 2021

Séquençage du virus dans un laboratoire à l'institut Pasteur à Paris, le 21 janvier 2021 - Christophe ARCHAMBAULT © 2019 AFP

D'après Santé Publique France, moins de la moitié des tests positifs au coronavirus font aujourd'hui l'objet d'un criblage, une proportion "insuffisante" pour évaluer la progression des mutations préoccupantes en France.

La semaine dernière, 10.224 prélèvements ont fait l'objet d'un criblage, soit 45,2% de l'ensemble des tests de dépistage positifs (PCR ou antigéniques) réalisés en France cette semaine-là, alors que la consigne des autorités sanitaires est que l'intégralité des tests en bénéficie. Cela représente certes une "montée en charge" par rapport à la semaine précédente, où 37,5% des tests avaient été criblés, mais la proportion est "encore insuffisante" pour Bruno Coignard, directeur des maladies infectieuses à Santé publique France.

Des laboratoires davantage mobilisés

Depuis la mi-juin, seuls les kits de criblage permettant de détecter trois mutations considérées comme préoccupantes peuvent être utilisés, et la bascule s'est bien faite, puisque désormais, "90% des tests criblés recherchent les trois mutations", a-t-il expliqué lors d'un point presse en ligne. Mais l'enjeu est que tous les laboratoires d'analyses se mobilisent pour réaliser ces tests de criblage, et ce, sur l'ensemble du territoire, a plaidé l'épidémiologiste, indiquant que "des messages du ministère de la Santé" allaient être passés aux laboratoires en ce sens.

Le même enjeu existe pour le séquençage, a-t-il ajouté: "Nous avons travaillé de façon étroite avec le ministère pour rappeler aux laboratoires que la participation aux enquêtes flash est obligatoire", évoquant "quelques difficultés de remontée des prélèvements vers les laboratoires qui séquencent". Bruno Coignard a également annoncé que ces enquêtes flash, qui consistent en théorie à séquencer l'ensemble des tests positifs d'un jour donné, seraient "dorénavant hebdomadaires", tous les mardis.

Le variant Delta continue sa progression

Les résultats préliminaires de la dernière enquête en date, qui porte sur des prélèvements du 8 juin, montre que le variant Alpha restait très majoritaire, à 81,9% contre 86,3% dans l'enquête précédente, du 25 mai. Mais le variant Delta a été retrouvé dans 7% des échantillons, contre 0,8% la dernière fois, tandis que la proportion des variants porteurs des mutations E484K ou E484Q (comme les variants Beta, dit sud-africain, et Gamma, dit brésilien) reste à peu près stable, à 10,4%.

Les données de criblage, plus réactives mais moins précises, montrent que la semaine dernière, la mutation L452R, qui correspond majoritairement à des variants Delta, représentait 10,5% des tests criblés, contre 4,6% la semaine dernière. La mutation E484K a été retrouvée dans 16,9% des résultats et E484Q, dans 0,9%.

Ces trois mutations sont particulièrement surveillées parce qu'elles peuvent avoir un impact sur l'échappement immunitaire (résistance au vaccin, ndlr), la transmissibilité ou encore la gravité de l'infection.

A.A avec AFP