BFMTV
Santé

TOUT COMPRENDRE - Que sait-on du variant B.1.640.2, découvert par les équipes de Didier Raoult?

Un professionnel de Santé de l'IHU de Marseille étudiant le Covid-19, en janvier 2021

Un professionnel de Santé de l'IHU de Marseille étudiant le Covid-19, en janvier 2021 - CHRISTOPHE SIMON / AFP

Identifié début décembre par l'IHU de Marseille, peu de cas de ce variant surnommé "variant IHU" ont pour le moment été détectés. Ce qui empêche d'évaluer sa dangerosité potentielle.

"Un nouveau variant COVID-19 a été détecté à l'IHU Méditerranée Infection", écrivait l'institut sur Twitter le 9 décembre 2021. Fin décembre, des chercheurs français issus de cet IHU ont publié une pré-étude (non validée par les pairs), détaillant la découverte de celui qu'ils appellent "variant IHU", nommé B.1.640.2. Il y est précisé que ce nouveau variant est porteur de 46 mutations et de 37 délétions, dont 23 sont localisées sur la protéine spike.

Cette pré-étude a été reprise en ce début 2022, avec parfois un ton alarmiste, mais peu de données sont disponibles pour le moment sur ce variant, notamment en raison du petit nombre de cas identifié.

• D'où vient ce variant?

Ce variant est un sous-lignage du variant B.1.640, identifié en France depuis fin octobre, mais qui a, pour la première fois, été détecté en République du Congo fin septembre 2021. "Depuis le 8 décembre 2021, le lignage B.1.640 a été divisé en deux sous-lignages : B.1.640.1 et B.1.640.2", écrit Santé Publique France dans un rapport du 15 décembre. Ce dernier, a été détecté au sein d’un cluster fin novembre 2021 dans la région Provence-Alpes-Côte-D'azur.

"B.1.640.2 est caractérisé par la présence de la mutation E484K, qui est une des cibles de la stratégie de criblage actuelle", ajoute SPF.

A noter que cette mutation, associée à une possible augmentation de la transmissibilité du virus, "n’est pas présente chez B.1.640.1".

Le B.1.640 a été classé par l'Organisation Mondiale de la Santé comme VUM "variants under monitoring", soit en français, "variant sous surveillance", depuis le 22 novembre. Il est également classé en VUM par SPF, une appellation qui signifie que qu'il y a, pour le moment, une "absence d’éléments virologiques, épidémiologiques ou cliniques probants en faveur d’un impact en santé publique" explique l'organisme, et ce "malgré la présence de mutations retrouvées chez un ou plusieurs variants d’intérêt/à suivre".

• Où en est sa progression?

Dans les données actuelles, il n'est pas encore fait de distinction entre les deux sous-lignages de ce variant, ce qui rend parfois difficile d'identifier sa présence. Dans la pré-étude de l'IHU de Marseille, les chercheurs expliquent avoir idenfitifé 12 cas de patients porteurs de ce variant B.1.640.2.

En France, concernant le variant B.1.640, "les régions ayant rapporté le plus grand nombre de cas au 27 décembre 2021 sont les Hauts-de-France (188), l’Île-de-France (171) et la Normandie (146)", note Santé Publique France, précisant que sa circulation "se poursuit en France métropolitaine", à des niveaux très bas: "0,6% pour l’enquête Flash S49 [6 au 12 décembre] et 0,9% pour l’enquête Flash S50 [13 au 19 décembre]".

Présence du variant B.1.640 selon les différentes régions en France
Présence du variant B.1.640 selon les différentes régions en France © SPF

Au niveau mondial, selon les dernières données de la plateforme de surveillance épidémiologique GISAID (qui mélange elle aussi les deux sous-lignages), une centaine de cas ont été identifiés dans le monde, la majorité en France.

• Faut-il s'en inquiéter?

Plusieurs scientifiques se sont inquiétés de l'augmentation ces derniers jours du nombre de cas de Covid-19 dans la région Sud-Paca, alors que c'est dans cette zone qu'a été identifié B.1.640.2.

"Nouvelle alerte variant" écrit ainsi sur Twitter l'épidémiologiste américain Eric Feigl-Ding.

Mais ce variant circule pour le moment à des niveaux très bas, et ne semble pour l'instant ni concurrencer Delta, à l'origine de la cinquième vague d'épidémie en France, ni Omicron, extrêmement contagieux, qui est devenu majoritaire sur le territoire. Contre les quelques cas recensés pour ce dernier variant, plusieurs centaines de milliers ont été identifiés pour Delta et Omicron.

D'autre part, en raison du petit nombre de cas détectés de B.1.640.2, il est difficile pour le moment d'évaluer sa potentielle dangerosité.

"Il est trop tôt pour spéculer sur les caractéristiques virologiques, épidémiologiques ou cliniques de ce variant IHU sur la base de ces 12 cas", note ainsi les auteurs de la pré-étude.

"Un suivi épidémiologique renforcé et des études in vitro sont en cours à Santé publique France et au CNR pour évaluer les caractéristiques de ce variant et son impact en santé publique", écrivait également courant décembre SPF, au sujet de B.1.640, rappelant que les données actuelles "sont préliminaires et portent sur un faible nombre de cas et il convient donc de rester prudent quant aux interprétations".

Salomé Vincendon
Salomé Vincendon Journaliste BFMTV