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Coronavirus: pourquoi il est trop tôt pour parler d'une deuxième vague en France métropolitaine

Infographie sur la circulation du coronavirus région par région.

Infographie sur la circulation du coronavirus région par région. - BFMTV

Certains indicateurs, dont le fameux "R" effectif, repartent à la hausse dans certaines régions. Mais il est encore trop tôt pour parler d'une reprise de l'épidémie. Explications.

Alors que le plus dur semblait être passé, la pandémie de Covid-19 revient en Europe et en Asie où les exemples de "deuxièmes vagues" se multiplient. Au Portugal, le confinement va être resserré à partir de mardi dans la région de Lisbonne afin d'enrayer une éventuelle reprise de l'épidémie de coronavirus. La semaine dernière, après la détection de dizaines de nouveaux cas à Pékin, les autorités chinoises ont décidé de reconfiner partiellement la capitale. La Corée du Sud affirme quant à elle se trouver en plein milieu d'une "deuxième vague".

En France, la situation n'est pas aussi grave. "A l’exception de Mayotte et de la Guyane, l’ensemble des indicateurs de circulation du SARS-COV-2 est à des niveaux bas" affirme Santé Publique France dans son bulletin épidémiologique hebdommadaire paru vendredi 18 juin. Un point a cependant inquiété: le fameux "R" effectif est désormais supérieur à 1 dans trois régions métropolitaines.

Cet indicateur désigne le taux de reproduction du virus: lorsqu'il est de 1, on estime que chaque personne contaminée en contamine une autre. Lorsqu'il est de 2, chaque porteur du virus contaminerait deux autres individus. Au plus fort de la crise, à la mi-mars, le taux se situait entre 2,5 et 5. En Guyane, où le gouvernement hésite à reconfiner la population, il est actuellement estimé à 2,59. En France métropolitaine, depuis la fin du mois de mai, il oscillait entre 0,5 et 1 selon les régions. Un chiffre encourageant, indiquant une faible propagation du virus.

"Être vigilant sur l'intérprétation de ces chiffres"

Les informations remontées par Santé Publique France la semaine dernière ont cependant changé la donne. Dans trois régions - l'Occitanie, la Normandie et l'Auvergne-Rhône-Alpes - le "R" est désormais supérieur à un. L'infographie ci-dessous montre l'évolution de cet indicateur.

La variation du nombre de reproduction effectif (R effectif) dans chaque région métropolitaine
La variation du nombre de reproduction effectif (R effectif) dans chaque région métropolitaine © Louis Tanca

Eric Daudé, directeur de recherche au CNRS, appelle cependant à être "vigilant sur l'intérprétation de ces chiffres":

"Ces trois régions (Normandie, Occitanie, Auvergne-Rhône-Alpes, NDLR) sont des zones où le virus a peu circulé. Il suffit que quelques clusters se déclarent et mécaniquement, le "R" explose".

Une augmentation due à quelques clusters isolés

L'agence régionale de santé (ARS) d'Occitanie fait le même constat que le chercheur, spécialisé dans la modélisation des maladies à transmission vectorielle. Selon l'ARS, l'augmentation du "R" est liée à l'apparition de clusters au sein de communautés très précises: les travailleurs agricoles hispanophones et quelques foyers familiaux ayant des contacts avec la communauté Rom toulousaine.

"Au 16 juin, compte tenu des informations disponibles, il n’existe actuellement pas de signe de diffusion virale en population générale (...) ni vers les travailleurs agricoles non hispanophones" assure l'ARS dans son point épidémiologique du 18 juin.

Ce sont ces même clusters isolés qui sont "responsables" de l'augmentation du taux de positivité en France. Cet indicateur, également inquiétant à première vue, se base sur le nombre de personnes déclarées positives au Covid-19 parmi l'ensemble des personnes testées. Et il est également en légère augmentation, comme on peut le voir sur l'infographie ci-dessous.

La variation du taux de positivité aux tests PCR en France
La variation du taux de positivité aux tests PCR en France © Louis Tance

Là encore, le chercheur Eric Daudé, appelle à la prudence, qualifiant ces comparaisons de "compliquées". Certains départements testent uniquement les personnes quasiment assurées d'être contaminées, ce qui relève forcément le taux de positivité des tests.

Les capacités ne sont d'ailleurs pas les même d'une région à l'autre, certaines régions (Grand Est, PACA), testent beaucoup plus leurs populations. Particulièrement biaisé, le taux de positivité n'est donc pas le meilleur indicateur pour rendre compte de la circulation du coronavirus dans le pays.

Le nombre de clusters augmente aussi mais...

Le nombre de clusters augmente lui aussi, indéniablement. Au 27 mai 2020, Santé Publique France recensait 109 clusters dans le pays. Au 16 juin, le bilan s'élève désormais à 239. Si l'augmentation paraît alarmante à première vue, le directeur de recherche au CNRS relativise:

"On s'attendait à avoir des clusters après le confinement, ce n'est pas surprenant. Pour l'instant, ils semblent être rapidements détectés donc c'est rassurant. Tant que le nombre de clusters ne se mutiplie pas par deux toutes les semaines, la situation est maîtrisée. Mais il faut rester vigilant."

A l'heure actuelle, sur les 239 clusters, un peu plus de 115 sont "clôturés" (absence de nouveaux cas 14 jours après le dernier cas) et 45 sont "maîtrisés" (absence de nouveaux cas 7 jours après le dernier cas).

Réanimations, hospitalisations et décès sont au plus bas

Le directeur de recherche au CNRS appelle plutôt à regarder d'autres indicateurs pour savoir si le virus circule encore activement ou pas. Selon lui, le nombre de personnes admises en réanimation est l'un des plus fiables. Et il est au plus bas depuis la mise en place du confinement, à la mi-mars.

L'infographie ci-dessous montre l'évolution du nombre de nouvelles admissions en soins intensifs. Cliquez sur "Choisir un autre indicateur" pour afficher l'évolution des hospitalisations et des morts quotidiennes.

Morts, admissions en soins intensifs, hospitalisations... Les autres indicateurs de l'épidémie
Morts, admissions en soins intensifs, hospitalisations... Les autres indicateurs de l'épidémie © Louis Tanca

Pas de deuxième vague pour l'instant

"Pour l'instant, on ne peut pas parler de deuxième vague" assure Eric Daudé tout en rappelant à "rester vigilant". La Fête de la musique, à l'origine de larges rassemblements dans plusieurs grandes villes (Paris, Lyon, Bordeaux...), a par exemple suscité une certaine inquiétude. Pour le directeur de recherche du CNRS, il est cependant trop tôt pour évaluer son impact:

"Les grands rassemblements de ce type peuvent être inquiétants car ils sont propices à créer de nouveaux clusters. Il faudra voir dans les villes concernées si, dans 7 ou 10 jours, les cas de Covid augmentent."
Louis Tanca Journaliste BFMTV