Où en est la diffusion du sous-variant BA.2 en France?

S'il est encore détecté à des niveaux très faibles, ce sous-variant d'Omicron reste surveillé de près, notamment en raison de sa probable capacité à se transmettre très facilement.

"Un petit cousin d'Omicron". Depuis quelques jours le terme de "BA.2" est régulièrement évoqué. Il s'agit d'un sous-lignage du variant Omicron, qui semble être beaucoup plus contagieux que le sous-lignage BA.1, à l'origine de la cinquième vague actuelle de contaminations. BA.2 est détecté à des niveaux très bas en France pour l'instant, mais il a été identifié chez plusieurs de nos voisins et représente désormais plus de la moitié des contaminations au Danemark.

En France, "des cas ponctuels répartis sur différentes régions ont été détectés par séquençage sur les deux dernières semaines de décembre 2021 et les deux premières semaines de cette année", mais "à des niveaux très faibles", écrit Santé Publique France dans un point daté de mardi.

Combien de cas de BA.2 en France?

Selon les dernières analyses menées en France, "sur 10.000 séquençages en vie réelle la semaine dernière", le variant BA.2 représentait "60 cas", a déclaré le ministre de la Santé Olivier Véran mardi sur LCI.

Ce chiffre "est probablement sous-estimé, on a probablement un plus grand nombre de BA.2", déclarait dans le même temps sur FranceInfo le président du Conseil scientifique Jean-François Delfraissy. Il faut en effet noter que les analyses de séquençage ont un retard en France sur la réalité épidémique, ce qui signifie que ces chiffres sont vieux de plusieurs jours, et qu'on ne connait pas le taux de BA.2 chez les personnes testées positives aujourd'hui ou même hier.

Et, comme l'a souligné Olivier Véran, "l'expérience Omicron nous a montré que 60 cas, cela peut être des milliers de cas quelques jours ou semaines plus tard".

L'institut de recherche danois Statens Serum Institut relate ainsi dans un article daté du 20 janvier la rapide progression de BA.2: "Le sous-variant BA.2 représentait 20% de tous les cas de Covid-19 au Danemark au cours de la semaine 52 [du 27 décembre au 2 janvier]", et 45% en semaine 2, soit du 10 au 16 janvier. Sa proportion dans le nombre d'infections a depuis dépassé les 50%.

Dangerosité et contagiosité à l'étude

"Les indicateurs préliminaires montrent qu'il n'y a pas de différence entre BA.1 et BA.2 pour les hospitalisations, qu'il n'est pas plus virulent", explique à BFMTV Troels Lillebaek, épidémiologiste directeur au Statens Serum Institut, "par contre BA.2 semble se transmettre plus facilement et c'est un problème en soi".

En effet, même si les contaminations entraînent moins d'hospitalisations, mécaniquement, plus il y a d'infections, plus le nombre de patients augmente.

BA.2 est donc pour l'instant à l'étude. Et s'il semble a priori plus contagieux, "toute la question posée est de savoir quelle va être sa gravité", note Jean-François Delfraissy. Il explique que ce sous-variant "est muté de façon différente dans la protéine Spike, qui est la protéine qui permet au virus de s'accrocher à son récepteur, mais qui est aussi la cible de la réponse vaccinale et des anticorps monoclonaux avec lesquels on peut traiter ces patients".

Ces mutations pourraient donc modifier les propriétés du virus à différents niveaux, "par exemple en ce qui concerne l'infectiosité, l'efficacité ou la sévérité du vaccin", note le Statens Serum Institut. Mais l'organisme ajoute que "jusqu'à présent, il n'y a aucune information quant à savoir si BA.1 et BA.2 ont des propriétés différentes".

Olivier Véran a évoqué mardi la possibilité "que l'on pourrait se recontaminer potentiellement au BA.2, même lorsque nous aurions été contaminé au variant Omicron", soulignant toutefois ne pas avoir "de conclusions à ce stade".

"C'est plutôt une possibilité théorique à cause des différences assez importantes entre BA.1 et BA.2, mais pour l'instant je n'ai vu aucune donnée" à ce sujet, déclare Troels Lillebaek.

Quel est son rôle dans la vague actuelle?

En raison du petit nombre de cas détectés pour le moment, on peut dire que BA.2 n'est pas à l'origine de la cinquième vague actuelle en France, dans laquelle BA.1 est encore très largement majoritaire. Il est en revanche possible que son apparition fasse partie des multiples raisons pour lesquelles la décrue prévue mi-janvier n'ait pas eu lieu.

C'est un "élément possible de cette petite remontée des chiffres", expliquait mardi sur BFMTV notre consultant santé Alain Ducardonnet.

"On espérait atteindre le pic en janvier mais désormais on s'attend plutôt à février" et donc "ça pourrait être un peu plus tard en France aussi", déclare également Troels Lillebaek. Jean-François Delfraissy voit, selon les dernières données, cette cinquième vague atterrir "plutôt vers la mi-mars avec une baisse progressive très lente en terme d'hospitalisations, et un nombre de contaminations qui va doucement finir par baisser".

Salomé Vincendon Journaliste BFMTV