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Covid-19: le sous-variant AY.4.2, scruté au Royaume-Uni, est encore peu présent en France

Des techniciens travaillent sur le séquençage du génome du Sars-CoV-2 et de ses variants, le 21 janvier 2021 à l'Institut Pasteur, à Paris

Des techniciens travaillent sur le séquençage du génome du Sars-CoV-2 et de ses variants, le 21 janvier 2021 à l'Institut Pasteur, à Paris - Christophe ARCHAMBAULT © 2019 AFP

Dans une note achevée vendredi, Santé Publique France et le Centre national de référence des virus des infections respiratoires se penchent sur AY.4.2, un sous-lignage du variant Delta du Covid. Si celui-ci monte en puissance au Royaume-Uni, il demeure cependant très peu présent dans l'Hexagone.

Depuis deux ans, nous avons dû nous accoutumer à suivre le Covid-19 dans ses multiples variants. Il faut aussi garder un œil sur ses "sous-variants". Ainsi, la communauté scientifique se penche désormais sur AY.4.2, nouvelle déclinaison du célèbre Delta. "Surveillé de très près" au Royaume-Uni, où une augmentation du nombre de cas est constatée, il n'est pour l'heure que "sporadiquement détecté" en France "depuis le mois d’août", selon la dernière analyse conduite par Santé Publique France et le Centre national de référence des virus des infections respiratoires, datée de ce vendredi.

"Le fait qu’il ait été détecté lors de plusieurs enquêtes (...) successives indique toutefois une possible circulation à bas bruit dans la communauté, notamment en Ile-de-France, mais sans signal en faveur d’une diffusion significative à ce stade", note l'analyse.

Le péril éventuellement posé à la santé publique demeure largement inconnu. On sait qu'AY.4.2 consiste en une double mutation additionnelle de la protéine Spike ou "spiculaire", cet élément qui permet au virus de pénétrer les cellules de l'organisme. De telles mutations "dans ce domaine peuvent donc avoir un impact sur l’échappement à la réponse immunitaire", selon les autorités sanitaires françaises - mais rien ne confirme que c'est le cas pour AY.4.2.

96% des séquences détectées venues du Royaume-Uni

S'il est apparu vraisemblalement au printemps, ce sous-variant se diffuse en Europe à des rythmes divers même si on note une accélération de la cadence depuis septembre. Un contingent de 13.000 séquences correspondant à AY.4.2 déposées dans la base de données virologiques internationale GISAID montre à la fois son renforcement au Royaume-Uni comme sa très faible prévalence dans l'Hexagone.

96% des séquences AY.4.2 détectées dans cet ensemble proviennent d'Outre-Manche, contre 1,3% d'Allemagne, pourtant à la deuxième place européenne au palmarès de l'expansion de cette souche. Viennent ensuite la Pologne avec 0,6%, l'Irlande et l'Italie avec 0,4%, le Danemark et ses 0,3%. Le pourcentage français ne monte qu'à 0,1%, pour un total de 12 séquences.

Si les sujets d'Elizabeth II subissent 96% des séquences AY.4.2 avérées, celles-ci ne représentent que 5,9% des cas de Delta mesurés sur place d'après des résultats préliminaires publiés samedi par l'Agence de sécurité sanitaire britannique. Par ailleurs, il n'est pas certain, précisent les chercheurs, que l'augmentation actuelle du taux d'incidence de Delta au Royaume-Uni soit uniquement due à AY.4.2.

La faiblesse de l'extension d'AY.4.2 à ce stade est d'ailleurs à la base du mystère qui l'entoure encore. Le nombre dérisoire de cas en France empêche pour l'heure toute analyse plus poussée. Santé Publique France et le CNR invitent toutefois à le "suivre de près", même si les deux institutions rappelent que sa détection a décru ces dernières semaines dans deux pays européens, l'Allemagne et le Danemark.

Caroline Dieudonné avec R.V.