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Listériose: mieux surveiller les cas d'infection grâce à une méthode d'analyse plus performante

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- - iStock - grinvalds

La Listeria monocytogenes est la bactérie responsable de la listériose, infection d’origine alimentaire rare mais grave, touchant les sujets dont le système immunitaire est fragile. Des chercheurs français ont mis au point une méthode qui permet d'identifier plus précisément les cas groupés et d'améliorer leur capacité à trouver les sources de contamination des malades.

La listériose est une infection grave, d’origine alimentaire, due à la bactérie Listeria monocytogenes. Celle-ci se trouve dans l’environnement (terre, végétaux, produits d’ensilage, eau, eaux usées, matières fécales animales et humaines) et dans les animaux qui l’ingèrent en se nourrissant.

En France, les aliments les plus fréquemment contaminés par Listeria monocytogenes sont les charcuteries cuites (langue, tête, rillettes), les produits de saurisserie, les graines germées réfrigérées, et les produits au lait frais (fromages à pâte molle et au lait cru). La bactérie n’altère pas le goût des aliments, ce qui explique une possible ingestion répétée et en grandes quantités. Selon l'institut Pasteur, la maladie reste rare sur le territoire (5 à 6 cas par million d’habitants par an), mais mortelle dans 20 à 30% des cas survenant en dehors de la grossesse.

Elle se traduit par une infection du sang (septicémie), voire du système nerveux central qui se manifeste alors principalement par une méningo-encéphalite, une infection des méninges et du cerveau. Des chercheurs du Centre national de référence des Listeria (CNR) hébergé à l’Institut Pasteur ont trouvé comment renforcer la surveillance épidémiologique de la listériose humaine en mettant au point une méthode de caractérisation des souches de Listeria basée sur le séquençage du génome.

Identifier plus précisément les risques

Objectif: détecter le plus précocement possible des cas groupés afin d’identifier la source de contamination et mettre en œuvre les mesures de contrôle. "Comme pour la plupart des bactéries responsables d’infections d’origine alimentaire, il existe chez Listeria une grande diversité des souches.", explique Mathieu Tourdjman de la direction des maladies infectieuses*.

Celui-ci ajoute: "Disposer d’outils performants pour différencier les souches, est un gage d’efficacité pour repérer des malades infectés par une même souche pour lesquels il est très vraisemblable qu’ils se soient contaminés à partir d’une source commune, qu’il nous faut identifier afin de réduire le risque de contamination d’autres personnes." Cette technique de séquençage du génome est appelée core-genome Multilocus Sequence Typing ou cgMLST, comme l'expliquent les chercheurs dans la revue Emerging Infectious Disease.

Elle remplace depuis le début de l'année 2017 l’électrophorèse en champ pulsé, considérée jusqu'ici comme la méthode de référence pour distinguer les souches de Listeria entre elles. Une technique utilisée depuis plusieurs années par le CNR et qui consistait à extraire l'ADN de la bactérie. "Bien que cette technique ait indéniablement contribué à la résolution de nombreuses épidémies, elle s’avère bien moins puissante que l’analyse du génome entier.", ajoute le Dr Mathieu Tourdjman.

Une méthode adaptée pour la surveillance en temps réel

Pendant deux ans, en 2015-2016, les chercheurs ont comparé l'efficacité de ces deux méthodes sur 2743 souches de Listeria monocytogenes d’origines humaine, alimentaire et environnementale. Il s'est avéré que la technique de séquençage génomique a permis d’identifier près de 4 fois plus de cas groupés que ceux identifiés par électrophorèse.

Cette méthode a par ailleurs permis d'identifier dans près de 20% des cas groupés la source de contamination et ce à un stade plus précoce, c’est-à-dire avant que les épidémies ne touchent un grand nombre de personnes. En clair, plus les épidémies et les sources de contamination sont identifiées tôt, plus ces épidémies seront petites. Enfin, des contaminations prolongées de sites de production alimentaire ont pu être mise en évidence.

"Dans certains cas, la contamination existait depuis plusieurs mois voire années, sans qu’il n’ait été possible de le repérer. Aujourd’hui, dès que deux malades présentent une même souche, une enquête est systématiquement réalisée.", conclut le Dr Mathieu Tourdjman. A l'avenir, les chercheurs espèrent que cette technique de séquençage du génome puisse servir aux producteurs pour améliorer leurs contrôles. Ils souhaitent surtout qu'elle puisse être utilisée comme modèle pour la surveillance de routine d'autres maladies infectieuses comme les salmonelloses ou les shigelloses.

*La Direction des maladies infectieuses coordonne la surveillance nationale et l’alerte en matière de maladies infectieuses.

Alexandra Bresson