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Covid-19: une nouvelle méthode "plus précise" et "plus réactive" pour pister les mutations

Des prélèvements du Covid-19

Des prélèvements du Covid-19 - LOIC VENANCE © 2019 AFP

La stratégie pour traquer les mutations du virus va changer à partir de cette semaine.

Finis les "variants", place aux "mutations": pour traquer de façon "plus précise" et "plus réactive" la progression de formes préoccupantes du coronavirus sur le territoire français, la stratégie change à partir de cette semaine.

"Aujourd'hui on observe une variété croissante de variants, qui font que rechercher spécifiquement un, deux ou trois variants ne répond plus au besoin de surveillance de la problématique 'variants du Sars-CoV-2'", a expliqué jeudi une responsable de Santé publique France, lors d'un point presse en ligne.

Criblage des tests positifs

"Tout test positif doit toujours donner lieu à un criblage", mais l'idée est désormais "de suivre des mutations d'intérêt qui sont retrouvées dans un nombre important de variants", a poursuivi Sibylle Bernard-Stoecklin de la direction des maladies infectieuses de l'agence publique.

Le criblage consiste à utiliser des kits de dépistage particuliers, qui passent au "crible" les tests PCR positifs pour savoir si le patient est porteur d'une forme préoccupante du virus Sars-CoV-2.

Cette méthode a été mise en place en janvier, pour repérer l'émergence du variant "Alpha", identifié pour la première fois au Royaume-Uni en décembre 2020 et désormais majoritaire dans les cas positifs en France.

Résultats plus rapides

Les kits utilisés ont ensuite été adaptés pour détecter les variants préoccupants "Bêta" (repéré pour la première fois en Afrique du Sud) et "Gamma" (qui a émergé au Brésil), avant l'arrivée du variant "Delta" (sous-lignée venue d'Inde).

Si cette stratégie permet d'obtenir des résultats plus rapidement que par le séquençage, qui consiste à analyser l'ensemble de l'ARN du virus, elle comporte de nombreuses limites.

D'abord, les laboratoires d'analyse français sont équipés de kits différents, qui ne détectent pas tous les même mutations. Ensuite, un résultat positif signifie la "suspicion" de la présence d'un variant préoccupant, mais seul un séquençage permet de s'en assurer.

Enfin, une même mutation pouvant être présente sur plusieurs variants, un même résultat de criblage pouvait être attribué à des variants différents selon les laboratoires.

Par exemple, le variant responsable d'un cluster à Bordeaux fin mai, s'apparentant au variant "Alpha" mais ayant acquis plusieurs mutations supplémentaires, dont la E484Q, pouvait être répertorié abusivement comme variant "Bêta" ou "Gamma", ou en "variant indéterminé" ou en "absence de variant".

SPF ne va plus publier la répartition des variants

Ces dernières semaines, Santé publique France avait averti que les pourcentages de répartition des différents variants préoccupants étaient "à interpréter avec précaution".

Depuis fin mai, les laboratoires ont commencé à s'équiper avec les nouveaux kits de criblage, qui deviendront les seuls autorisés à partir de la mi-juin.

Et Santé publique France cesse dès ce jeudi de publier la répartition des variants sur le territoire selon l'ancienne méthode, pour passer à la nouvelle nomenclature. Trois mutations ont été retenues, appelées E484K, E484Q et L452R.

Présentes notamment sur les variants "Bêta", "Gamma" et "Delta", elles sont considérées "d''intérêt" car elles peuvent avoir un impact sur l'échappement immunitaire, la transmissibilité ou encore la gravité de l'infection.

La liste se limite à trois car "plus on ajoute de mutations dans un kit de criblage, plus la sensibilité diminue", a souligné Sibylle Bernard-Stoecklin.

C.M. avec AFP